Le raccolte sono composte da dipinti, sculture, incisioni, fotografie, medaglie, opere video, pellicole cinematografiche donate all'Accademia Carrara per la Galleria d'Arte Moderna e Contemporanea da artisti, collezionisti, istituzioni, nel solco della grande tradizione di mecenatismo della città.

Tappe fondamentali della storia recente della collezione sono la donazione di Davide Cugini, avvocato, che alla metà degli anni '80, destina al museo un significativo nucleo di opere d'arte moderna della sua collezione (Radice, Fontana, Tancredi); nel 1991 la donazione esemplare di Emilio Lombardini, imprenditore, (Morlotti); e di seguito quella di Giovanni Pandini, costruttore, (Sironi).
Ma è la volontà di Gianfranco Spajani, in ricordo della moglie Luigia a imprimere una svolta decisiva all'assetto della collezione: 40 dipinti di maestri italiani e stranieri del '900 entrano a farne parte nel 1999. Cinque anni dopo, confermando questa straordinaria sensibilità, Gianfranco Stucchi, medico, in sintonia con la moglie Marta, dona una ventina di importanti dipinti della sua collezione.

Una considerazione a parte merita la Collezione Manzù lasciata dallo scultore alla città di Bergamo nei primi anni '80 che con l'apertura della GAMeC ha trovato la sua collocazione ideale. Un'interessante apertura alla più piena contemporaneità viene garantita all'inizio degli anni '90 da Armando Maffeis che incrementa la collezione con 21 opere di giovani artisti (tra loro Maurizio Cattelan).

Le donazioni degli anni novanta di Lanfranco Colombo (450 fotografie di fotografi italiani), di Cesare Johnson e di Vittorio Lorioli (200 medaglie), e in seguito da parte di quest'ultimo di 100 modelli per medaglie, hanno aperto nuove prospettive.

Hanno contribuito infine in modo significativo all'incremento della collezione artisti che sono stati partecipi della crescita culturale della città per avervi operato attivamente. Della valorizzazione della collezione permanente ad opera dell'Associazione per la GAMeC, cui è affidato il piano delle attività, fa parte l'acquisizione di opere di artisti contemporanei di profilo nazionale e internazionale.